Fortis Türkiye Kupası'nda gruplarda 3, 4 ve 5. hafta maçlarının programı belli oldu. Futbol Federasyonu'ndan yapılan açıklamaya göre, 6, 7, 8, 10, 11, 17 ve 18 Ocak'ta oynanacak maçların programı şöyle:
 
3. HAFTA
6 Ocak 2009 Salı:
14.00 Kayserispor-Malatyaspor (Kayseri Atatürk)
16.00 Antalyaspor-Trabzonspor (Antalya Atatürk)
20.00 Beşiktaş-Gaziantep BŞB (BJK İnönü)
 
7 Ocak 2009 Çarşamba:
14.00 Ankaragücü-Tokatspor (Ankara 19 Mayıs)
14.00 Manisaspor-Konyaspor (Manisa 19 Mayıs)
14.00 Denizlispor-Alanyaspor (Denizli Atatürk)
20.00 Fenerbahçe-Bursaspor (Şükrü Saracoğlu)
 
8 Ocak 2009 Perşembe:
20.00 Altay-Galatasaray (İzmir Atatürk)
 
4. HAFTA
10 Ocak 2009 Cumartesi:
13.30 Gaziantep BŞB-Antalyaspor (GASKİ Spor Tesisleri)
13.30 Ankaraspor-Kayserispor (Yenikent)
19.00 Gaziantepspor-Beşiktaş (Kamil Ocak)
 
11 Ocak 2009 Pazar:
13.30 Alanyaspor-Manisaspor (Milli Egemenlik)
13.30 Malatyaspor-Altay (İnönü)
13.30 Eskişehirspor-Ankaragücü (Eskişehir Atatürk)
13.30 Tokatspor-Fenerbahçe (Gaziosmanpaşa)
19.00 Sivasspor-Denizlispor (4 Eylül)
 
5. HAFTA
17 Ocak 2009 Cumartesi:
13.30 Trabzonspor-Gaziantep BŞB (Avni Aker)
13.30 Antalyaspor-Gaziantepspor (Antalya Atatürk)
19.00 Galatasaray-Malatyaspor (Ali Sami Yen)
19.00 Altay-Ankaraspor (Alsancak)
 
18 Ocak 2009 Pazar:
13.30 Konyaspor-Alanyaspor (Konya Atatürk)
13.30 Manisaspor-Sivasspor (Manisa 19 Mayıs)
19.00 Bursaspor-Tokatspor (Bursa Atatürk)
19.00 Fenerbahçe-Eskişehirspor (Şükrü Saracoğlu)